סלניום מופיע בשתי צורות: אורגנית (סלנו-מתיונין וסלנו-ציסטאין) ואנאורגנית (selenate ו-selenite), כאשר בשתי צורות אלה יכול סלניום להוות מקור טוב במזון. בקרקע מופיע סלניום בצורות האנאורגניות שלו, וכאשר צמחים קולטים תרכובות אלו, הם הופכים אותן לצורות האורגניות, סלנו-מתיונין וסלנו-ציסטיאן ולנגזרי המתיל שלהן. בגוף האדם רוב המתיונין מופיע בצורת סלנו-מתיונין, וכך הוא יכול להשתרבב אל תוך חלבוני הגוף. שרירי השלד הם המקום העיקרי של אגירת סלניום, ובהם מתרכזת 28-46% מכלל כמות הסלניום בגוף.
סלנו-ציסטאין ו-selenite עוברים חיזור ליצירת מימן סלנידי, ההופך בהמשך לסלנופוספאט לצורך הסינתזה של סלנו-פרוטאינים. ריכוזי סלניום בפלזמה ובשתן משקפים צריכה של סלניום בשעות האחרונות. לעומת זאת, אנליזה של תכולת סלניום בציפורנים יכולה לנטר צריכת סלניום משך חודשים אחדים. סלניום בצורותיו האורגניות והאנאורגניות עובר באופן משמעותי הסבה לנגזרות חד-סוכריות (selenosaccarides) בגוף קודם להפרשתו בשתן.
סלניום הוא יסוד קורט החיוני לגוף בכמויות קטנות, ועלול להיות רעיל בכמויות גבוהות. הוא מהווה מרכיב של חומצות האמינו הלא שגרתיות selenocysteine ו-selenomethionine. תכולת גוף האדם היא של 13-20 מיליגרם של סלניום. הגוף זקוק לסלניום לתפקודם של מספר אנזימים התלויים בסלניום, הידועים כ-selenoproteins, שבמהלך הסינתזה שלהם מוחדר selenocysteine לאתר הקטליטי של אנזימים אלה. עד היום זוהו לפחות 25 סלנו-פרוטאינים כאלה, שחלקם פועלים בתחומי הרבייה, חילוף החומרים של בלוטת התריס, סינתזת DNA, והגנה מפני נזק חמצוני בגוף על ידי היות סלניום קו-פקטור בפעילות המחזרת של אנזימים נוגדי חמצון כגון glutathione peroxidases, ושל צורות אחדות של thioredoxin reductase. פעילותו נוגדת החמצון של סלניום בולטת בעיקר בשילוב עם ויטמין E.
